Gombás szaprobák vagy paraziták. Élesztő evolúciós genomika | a természet értékeli a genetikát - Értékeli a genetikát - 2020

Genomics Absztrakt A zygomycete gomba, a Choanephora cucurbitarum egy növényi kórokozó, amely virágcserét okoz az uborkákban és más növényekben. Az összeszerelt genom mérete 29, 1 Mbp és 11 protein kódoló gén. A genomelemzés azt mutatta, hogy a C. A genom 11 gént tartalmazott Streptomyces szubtilizin inhibitor-szerű doménnel, amely fontos szerepet játszik a növényi immunitás elleni védelemben. Ezt a domént csak a bakteriális genomokban találták.

A szénhidrát-aktív enzimelemzés ebben a genomban CAZim-t észlelt, ahol a 6-os szénhidrát-észterázcsalád, amely ritkán található a dikarióta gomba genomokban, viszonylag gazdagodott.

Népszerű Bejegyzések

Az összehasonlító genomelemzés kimutatta, hogy a szexuális kommunikációhoz kapcsolódó gének, például a β-karotin és a triszporinsav bioszintézise konzerváltak, és a zygomycete genomok kialakulása során eltérnek. Összességében ezek az eredmények segítenek abban, hogy megértsük, hogyan kapcsolódnak a zygomycetes növényekhez.

Bevezetés A Fungi királyság kritikus szerepet játszik az 1-es szén-ciklusban, valamint más élő szervezetekkel való kölcsönhatásban. A zygomycetes a 2, 3- as gombafejlődés korai szakaszában különbözött, és különböző ökológiai típusokkal rendelkezett, amelyek magukban foglalják a növényi és állati kórokozót 4, 5, 6, 7, 8, 9 -et, 10 szaprobétákat és más gombafajok parazitáit A Mucorales a zygomycetes legnagyobb és legjobban tanulmányozott kládja. A Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum egy nekrotróf növényi kórokozó, gyógyszerek a test megtisztítására a parazitáktól gyümölccsel és virágzó rothadással jár az uborkákban és más növényekben, beleértve a padlizsánt, a squashot, a jégnövénytaz okra-t, a sütőtöket és a petúniát, különböző fokú súlyossággal 12, 13, 14, 15, 16, A gomba által okozott fertőzés gyakran meleg és nedves éghajlaton, például trópusi és szubtrópusi területeken fordul elő Több tucat Mucorales-genomot szekvenáltak, köztük az opportunista humán patogén Rhizopus delemar et, az olívaolaj Mucor circinelloides ata humán patogén Lichtheimia corymbifera 21 -et és a termofil Rhizomucor miehei et.

Vannak olyan Mucorales gombák, amelyek növényi kórokozóként szerepelnek, gombás szaprobák vagy paraziták a Mucor circinelloides-t noni gyümölcs gombás szaprobák vagy paraziták kórokozója 17, Rhizopus microsporus kukorica, napraforgó és rizs kórokozója 4, és Rhizopus stolonifer édesburgonya kórokozója 23, de egyikük sem A korábbi vizsgálatokban elemezték és jelentették a genomikai jellemzőket.

Az utóbbi időben a legmodernebb molekuláris és genetikai eszközök, a nagy áteresztőképességű szekvenálással és a fejlett mikroszkóppal párosulva számos szimbólum genomját és transzkriptómáját elemezték. A növények és gombák közötti jelátviteli útvonalakat már leírták, és számos új tápanyag-transzporter azonosítása feltárta a szimbiózis alapjául szolgáló sejtfolyamatok néhányát.

A gombás növényi kórokozók három különböző életstílusba sorolhatók: necrotrophs, biotrophs vagy hemibiotrophs A gombás kórokozók különböző növényi kolonizációs stratégiákat fejlesztettek ki az ökológiai résektől és a fiziológiai jellemzőktől függően.

Fontos tehát megérteni a növényi patogén különböző formáit genomiális skálán, és ezt a gombák kórokozói életmódját képező funkcionális repertoárok összehasonlításával lehet elvégezni. A növényi patogenitás megértésének általános megközelítései közé tartozik a gazdaszervezethez kapcsolódó funkcionális domének azonosítása, mint például az adhézió, a méregtelenítés, a másodlagos metabolizmus és a 25 jelvezetés, amelyet a Pfam 26 vagy a Gene Ontology GO 27 segítségével lehet következtetni.

Ezen túlmenően a szénhidrát-aktív enzim CAZyme 28 profil használható a gombák életmódjának jellemzésére.

Navigációs menü

A gombák királyságának globális Gombás szaprobák vagy paraziták azt mutatta, hogy a nekrotróf kórokozóknak több CAZim-je van, mint más ökotípusok, mint például a biotrófok és a szaprobák Érdekes, hogy a biotróf Ustilago maydis- nak rendkívül csökkent a teljes CAZym-ek száma, de a szekretált virulencia faktorok géncsoportjai megtalálhatók a genomjában.

Ez arra utal, hogy a CAZymek nem az egyetlen olyan tényező, amely meghatározza a gombák növényi patogénességét. A szekretált effektorokat is vizsgálták, mivel a növényi patogén gombák kölcsönhatásba lépnek a gazdasejt-halálos gépekkel ezeken az effektorokon keresztül.

A patogén-gazda interakcióban a szexuális kommunikáció révén gombás szaprobák vagy paraziták genom evolúciója fontos a befogadáshoz. A β-karotin-származékokat, különösen a triszporoidokat, azonosították a partnerek felismeréséért és a korai szexuális differenciálódásért a zygomycetesben Három gén, tsp1, tsp2 és tsp3 kapcsolódik a triszporinsav-bioszintézishez, amely 4-dihidrometil-triszporát-dehidrogenázt, 4-dihidrotrisporin-dehidrogenázt és karotin-oxigént kódol.

Az AcaA egy további karotin hasítási oxigenázot kódol, amely a β-karotin hasítási termékére hat, amelyet a tsp3- kódolt oxigenáz Phycomyces -ben készített. A β-karotin bioszintézise jól konzerválódott a Mucorales-ben, és két gén, a carra és a carB 34 közvetítette. Itt jelentették a növényi patogén Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum genomszekvenciáját.

Tíz Mucorales és két Glomerales genomot használtunk összehasonlító anyagként: egy Absidiakét Lichtheimiakét Mucoregy Parasitellakét Rhizopuskét Umbelopsis és két Rhizophagus. A növényi fertőzési stratégiák szempontjából a C. Eredmények és vita Genom összeszerelés és gén előrejelzés A koreai zöld squash-ből izolált C. A kiváló minőségű olvasmányok 18, 8 millió 4, 3 milliárd bázis alapján 29, 1 Gombás szaprobák vagy paraziták genomot állítottunk össze állvánnyal.

A contigek és állványok Nértéke 24, 2 kbp gombás szaprobák vagy paraziták 27, 9 kbp volt, és a szekvencia lefedettség 81, 3-szoros volt. Az egyes állványok mélységes lefedettsége és GC-tartalmi profilja nem mutatott jelzést a szennyeződések, a szimbionok vagy a paraziták szekvenciáira a végső összeállításban kiegészítő ábra S2.

A Mucorales genommérete 21, 9 Mbp U. Meg kell jegyezni, hogy az R. Összesen 11 fehérje kódoló gént előrejeleztek a C. A Mucorales genomokban a megjósolt gének száma is változott, 9, U. A fehérjehossz-eloszlás a rövid fehérjék enyhe növekedését jelezte aminosav körül aa kiegészítő ábra Gombás szaprobák vagy paraziták.

Az ebben a vizsgálatban használt összehasonlítások összefoglalása az S1 kiegészítő táblázatban található. A bootstrap-alapú elágazó-támasztékokat és a skála-sávot, amely az aminosav helyettesítések átlagos számát mutatja helyenként, bemutatjuk. Aspergillus nidulans- t használtak egy csoportként.

Az ismételt tartalmat a RepeatMasker 4. A GenBank-azonosítók minden faj esetében zárójelben vannak feltüntetve. Teljes méretű kép Ortológiai és árva gének Az ortológ géncsaládokat a C. A génmegosztás mértéke összhangban állt az 1. A géncsaládonkénti tagok kevés bizonyítékot szolgáltattak az egész genom duplikációs eseményeiről, amint azt a 19 -es Rhizopus genomokban találtuk, amely összhangban volt a C.

A második legnagyobb géncsalád az árva gének 31 tagját tartalmazza, amelyek az F-box domént PF tartalmazzák, amely az ubiquitin proteolízis mechanizmusához kapcsolódik.

hogy néz ki a halott pinworms

Ezek az egyedülálló CAZymek meghatározhatják a szervezet gazdaszervezet specifitását. Érdekes módon az árvafehérjék rövidebbek voltak, mint a teljes proteómban, ahol az árva fehérjék és az összes fehérje medián hossza aa és aa 2. Ezt az elfogultságot még meg kell magyarázni. Teljes méretű asztal Az effektorjelöltek azonosításához gént tartalmazott, amely a sejteken kívüli szignálpeptidet tartalmaz.

Közelebbről, 97 szekretált fehérje-kódoló gén volt az árva gén, amely potenciálisan gazdaszervezet-specifikus effektorokként működhetett, ahol 84 közülük hiányzott egy ismert funkcionális domén, amely összhangban van az effektorgéneknek ismert funkcionális domének nélküli, meghatározott gombás szaprobák vagy paraziták domének nélküli meghatározására A többi 13 gén magában foglalja a proteáz inhibitor domén- és kataláz-domént tartalmazó géneket, amelyek a növényi immunitás elleni védekezésben vettek részt.

Az összehasonlító genomelemzés különböző számú árva gént mutatott, melyek és 8 között mozognak, ami a Mucorales gombák változatos életmódját képviseli, amely gombás szaprobák vagy paraziták ökológiai fülkékhez igazodik.

Az árva gének gyakran nagyon sokszorosultak. Például az M. A többszörözött árva gének többségét nem jegyezték fel Pfam vagy CAZymes. Az ortológ csoportok és az árva gének funkcionális megjegyzései az S3 és S4 Kiegészítő táblázatban vannak felsorolva. Érdekes módon a szekretált fehérjék nagyobb valószínűséggel voltak az árvafehérjék a C.

  1. Népességdinamika Absztrakt A Hymenoscyphus fraxineus-tegy bevezetett ascomycete gomba és az európai hamutartó elsődleges okozati ágensét Fraxinus mandshurica fákon vizsgálták a Távol-Kelet Oroszország Primorye régiójában.
  2. Az aceton szaga a szájból hogyan kell kezelni
  3. Férgek gyógyszerei 9 éves gyermekek számára
  4. BIOSZFÉRA (szervezetek, ökoszisztémák)

Ez az eredmény arra utal, hogy az effektorgének erős szelektív nyomás alatt állnak, ami több variációhoz vezet, mint a többi gén. Ezt a megfigyelést az összehasonlító genomokban is azonosították, kivéve az R.

Az árva gének és a szekretált árvafehérjék statisztikai tesztjeit a 2. Ugyanakkor a megismételt Pfam bejegyzések száma hasonló volt 3, a C. Ezek a megfigyelések arra utalnak, hogy a legtöbb funkciót megosztják, és hogy a kis változatok meghatározzák az életmódját. Az esélyarányokat és a P-értékeket Fisher pontos vizsgálatával számítottuk ki. A P érték levágása 0, 05 volt. Az egyes cellák feltöltéséhez a Z-pontszámok alapján számított értékeket használtunk. Azt jelentették, hogy csak az Actinobacteriumok tartoznak ebbe a tartományba, amely többnyire a Streptomyces spp.

A három nem extracelluláris SSI-szerű fehérjét az endoplazmatikus retikulumra, a mitokondriumokra és a citoszolra szánták, ami azt gombás szaprobák vagy paraziták, hogy a sejtekben különböző szerepük lehet. Az SSI-szerű fehérjeszekvenciákban clade-specifikus konzervált pozíciók és egyetemesen konzervált pozíciók voltak.

Összesen 19 SSI-szerű fehérje szekvenciát 11 a C. A 16 giardiavax katze 12 pozíciókat csak C. Négy cisztein pozíció, amelyek két diszulfidkötést képeznek, minden szekvenciában jól konzerváltak, és pozíciók a 3a.

ha a férjnek rossz lehelete van

Ábránami azt jelzi, hogy ezek a diszulfidkötések fontosak a megfelelő szerkezet kialakításához mindkét csoportban Az összes fehérje megőrzött pozícióit világoszöldben kiemelik, és csak a C. NRRL B A fürtözött csomópontokat az egyértelműség érdekében összeomlották.

Mindegyik csomópontot UniProt ID-vel jelöltük a megfelelő organizmusnévvel zárójelben. A fa a FastTree használatával készült az alapértelmezett opcióval. Teljes méretű kép A filogenetikai génfák építésével vizsgáltuk a C. A szomszédos fát a C. Ábra és Kiegészítő S8 ábra.

Ugyanezzel az adatállomással épített maximális valószínűségi fa is hasonló csoportosítási mintát támogatott Kiegészítő ábra S9. Annak ellenére, hogy az elágazó csomópontok bootstrap értékei gyengék voltak a fákban a pontos filogenetikai kapcsolat meghatározásához, a faelemzés azt feltételezte, hogy a C. Ezek az SSI-szerű paralógok valószínűleg segítenek a gazda immunitásának semlegesítésében, mivel a szubtilizin proteázok funkciók a patogén felismerésében a növényekben Ez a genom CAZym-ot tartalmazott, míg más dikarióta nekrotrofok — CAZym-ot tartalmaztak, átlagosan tel, amint azt korábban jelentették Ismert, hogy a növényi kórokozóknak több CAZim-je van, mint a szaprobák és a 29, es biotrófok, mert be kell lebontaniuk a növényi biomasszát az invázió elősegítése érdekében.

Tehát ez azt sugallja, hogy nem minden növényi kórokozó kiterjedt a CAZyme modulokkal, és a különböző növényi patogén faktorok, például a szekretált effektor fehérjék 40 eltérő CAZyme profilokat eredményeznének. A CAZymek számát vízszintes sávok jelzik. Teljes méretű kép A 6. A CE6 család génfája jelezte, hogy a gombás CE6 gének jobban különböztek a növények közös őseitől és a bakteriális CE6 családtól S10 kiegészítő ábra.

Kórokozó-gazdaszervezet kölcsönhatások és bakteriális virulencia gének Gyógynövények parazitákból és mycosisból kórokozó-gazda kölcsönhatásokban részt vevő géneket a PHI-bázis gombás szaprobák vagy paraziták 42 azonosítottuk homológjaik azonosításával.

Közelebbről, a növényi gazdákhoz monocots vagy eudicotákhoz 1 gén kapcsolódik, és ezekből a génekből kevesebb volt, mint az összehasonlító genomban 1. Összesen PHI bejegyzést osztottak meg mind a 16 genom C. Ezek a közös virulencia gének meghatározzák a mag növényi gombás szaprobák vagy paraziták, és nem specifikusak a gazdákra.

Négy ismert effektort találtunk a C. Teljes méretű asztal Szexuális kommunikációs gének a Mucorales és a Glomerales genomokban A triszporoidok és a β-karotin bioszintézishez kapcsolódó gének elemzése feltárta ezen gének megőrzését és eltérését a Mucorales és a Glomerales genomokon.

Amint az 5.

Tartalomjegyzék

A karotin-oxigenáz katalizáló β-karotin hasítását kódoló Tsp3 a Mucorales genomokban jól megőrzött, egyetlen példányban, kivéve az R. Érdekes módon a tsp1 A trichinella emlőrákot okoz triszporát -dehidrogenáz és a tsp2 4-dihidrotrisporin-dehidrogenáz különböző fokú duplikációkat mutatott a genomokonpéldányban.

A filogenetikai fa azt mutatta, hogy a tsp1- géneket három csoportra osztottuk kiegészítő ábra S12ami arra utal, hogy a tsp1- géneket a tsp2- génekkel ellentétben a funkcionális divergencia megkettőzése céljából kiegészítő S Két R. Ez a megfigyelés arra utal, hogy a nem-β-karotin útvonallal gombás szaprobák vagy paraziták szintetizálnak, amelyet szintén támogat a carB és carra orthologok hiánya ezekben a genomokban.

Élesztő evolúciós genomika | a természet értékeli a genetikát - Értékeli a genetikát - 2020

Mindegyik genom esetében négy triszporoid szintézist és két β-karotin szintézishez kapcsolódó gént számoltunk. Az egyes cellák kitöltésére a Z-oszlopok alapján mért skálázott értékeket használtuk. Teljes méretű kép Következtetés Itt jelentették a C. Meghatároztuk a C. Összefoglalva, a C. A tenyészeteket 10 napig 25 ° C-on burgonya-dextróz agaron PDA tenyésztettük, és a gombás micéliumot összegyűjtöttük.

A genomiális DNS-t Kohler és mtsai. A nyers leolvasásokat a szekvenciaminőség 20 Q-pontszerelés és a hosszúság 20 bp-os levágás alapján HTQC 1.

a pinworm tojások mosásának mikroszkópos vizsgálata

Az előzetes összeszerelést az ABySS 1. Végül 2 állványt állítottunk össze az Allpaths-LG r 46 készülékkel 86, 2 × sorozat lefedettséggel. Az 1 kbp-nál kisebb állványokat kizártuk. A szennyeződések, szimbólumok vagy paraziták potenciális szekvenciáit a Blobology tel ellenőriztük, amely a leolvasási beállítással kiszámított mélységi lefedettséget ábrázolja a Bowtie2 48 és az egyes állványok GC-tartalma alapján.

a paraziták eltávolítása a testből

Gén előrejelzés A transzkriptomikus adatokat az Illumina MiSeq gombás szaprobák vagy paraziták segítségével kaptuk meg, amely 1, 2 millió páros leolvasást generált millió bázissal. Gén-előrejelzési medencét állítottunk elő három eszközzel: Maker 2, 31, 8 50, Augustus 3. Amikor a gén kódoló régiók két gén között átfedik egymást, csak a BLASTp bitteljesítményen alapuló megvalósíthatóbb előrejelzéseket tartottuk az NCBI nr adatbázissal szemben, amely végső előrejelzett génként 11 gént eredményezett.

A hat rokon fehérjéket használtuk a protein homológia alapú gén predikciójának támogatására Makerben: L. Genom összehasonlítások A C.

ascariasis, mint felnőttek kezelésére

A gén-előrejelzéseket ugyanúgy végeztük, mint a C. Pfam domain-feljegyzés Az InterProScan 5. A gazdagítási vizsgálatot Fisher Python Scipy modulba ágyazott pontos tesztjével végeztük.

Az InterProScan által kért C. A Mafft 55 használatával ezeket a sorozatokat a magbeállításba —seed opció adtuk. Gén családok és fajfák A C. Egyetlen másolatú ortológok részhalmazát kivontuk és összevontuk őket egyetlen adatkészlet elkészítéséhez.

A CAZyme megjegyzést akkor adtuk meg, ha legalább két módszer ugyanazt az előrejelzést eredményezte. Szexuális kommunikációs gének Megkerestük a GenBankból származó szexuális kommunikációs fehérje szekvenciákat: tsp1Q Mucor mucedo ; tsp2AM Gombás szaprobák vagy paraziták BLASTp-et a referencia-szekvenciákhoz futtattuk, és a legjobban elért géncsaládokat választottuk ki az igazi ortológokat.

Az ebben a dokumentumban leírt változat LUGH Hogyan idézzük ezt a cikket: Min, B.

További a témáról